新疆大学的前身——新疆俄文法政专门学校创立，拉开了新疆高等教育的序幕。

学校改建为新疆学院。抗日战争期间，共产党人俞秀松、林基路和爱国民主人士杜重远等先后到新疆学院主持工作，茅盾、张仲实、萨空了、赵丹等一批共产党人和进步人士来校任教或讲学，提出了“以民族为形式，以马列主义为内容”的教育思想，掀起了轰轰烈烈的抗日救国宣传活动，学校被誉为“抗大第二”。

新疆省人民政府将原省语文学院并入新疆学院，并将新疆学院更名为新疆民族学院。1954年，将新疆民族学院复名为新疆学院。

中苏共同创办中苏有色金属公司矿山技术学校，1954年，苏联将学校股份移交我国，学校改为自办，更名为乌鲁木齐矿业学校。1958年建成新疆矿冶学院，隶属冶金工业部，1966年更名为新疆工学院。

高等教育部部长杨秀峰到新疆学院视察工作时，指示以新疆学院为基础筹建新疆大学。1959年5月，高等教育部决定由北京大学、清华大学、西北大学等院校支援新疆大学的成立工作。1960年，新疆大学正式成立，学校跨入了新的发展时期。

新疆大学正式成立，学校跨入了新的发展时期。

学校被国务院确定为全国第一批88所重点高等院校之一，16所综合性重点大学之一。1997年，学校被列入国家首批“211工程”重点建设高校。

新疆大学与原新疆工学院合并组建新的新疆大学。

学校成为新疆维吾尔自治区人民政府、教育部“区部共建”高校。 ​2012年，学校被列为国家“中西部高校综合实力提升工程”建设高校。 2017年，进入全国首批42所一流大学建设高校行列。2018年，确定为教育部与新疆维吾尔自治区人民政府“部区合建”高校。