新疆大学自1978年开始招收研究生，1981年经国务院批准成为首批具有硕士学位授予权的高校，1996年获得博士学位授予权，2011年实现博士学位授权一级学科零的突破，2021年获批“资源与环境”工程博士专业学位类别打开了我校培养工程类博士专业学位研究生的崭新局面。学校现有2个国家级重点学科，1个国家级重点培育学科；现有3个国家双一流建设学科、3个自治区“十四五”优势学科振兴工程建设学科，6个自治区“十四五”特色学科创新工程建设学科有16个博士学位授权一级学科(理论经济学、法学、马克思主义理论、中国语言文学、数学、物理学、化学、地理学、生物学、生态学、机械工程、电气工程、计算机科学与技术、化学工程与技术、土木工程、国家安全学)、3个博士专业学位授权类别(资源与环境、材料与化工、能源动力)，40个硕士学位授权一级学科，22个硕士专业学位类别，涵盖了哲学、经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、农学、医学、管理学、交叉学科等十二个学科门类。

截止目前，共培养毕业研究生33426余人，其中博士研究生1370余人，硕士研究生32056余人；现有在校研究生16309人，其中博士研究生1440人，硕士研究生14869人。（数据截止至2025年3月）