新疆大学自1978年开始招收研究生，1981年经国务院批准成为首批具有硕士学位授予权的高校，1996年获得博士学位授予权，2011年实现博士学位授权一级学科零的突破，2021年获批“资源与环境”工程博士专业学位类别打开了我校培养工程类博士专业学位研究生的崭新局面。学校现有2个国家级重点学科，1个国家级重点培育学科；现有3个国家双一流建设学科、3个自治区“十四五”优势学科振兴工程建设学科，6个自治区“十四五”特色学科创新工程建设学科；14个博士学位授权一级学科、1个工程博士专业学位类别，37个硕士学位授权一级学科，18个硕士专业学位类别，涵盖了经济学、法学、文学、历史学、理学、工学、管理学、哲学等八个学科门类。

截止目前，共培养毕业研究生29700余人，其中博士研究生1200余人，硕士研究生28500余人；现有在校研究生14132人，其中博士研究生1020人，硕士研究生13112人。（数据截止至2023年3月）